В своем письме от 28 сентября 2011 года №  03-04-06/6-241 Минфин России разъяснил, что при оплате работодателем налогоплательщику расходов на командировки как внутри страны, так и за ее пределы в доход, подлежащий налогообложению, не включаются, в частности, фактически произведенные и документально подтвержденные целевые расходы на проезд до места назначения и обратно, расходы на проезд в аэропорт или на вокзал в местах отправления, назначения или пересадок, на провоз багажа.

Ни Трудовой кодекс, ни статья 217 Налогового кодекса РФ не содержат ограничений в отношении видов средств транспорта, используемых работником для проезда до места назначения и обратно.

Соответственно суммы оплаты организацией проезда работника на такси при направлении его в командировку относятся к числу компенсационных выплат, связанных с исполнением налогоплательщиками трудовых обязанностей, и на этом основании освобождаются от обложения налогом на доходы физических лиц.

При этом в организации должны иметься соответствующие оправдательные документы, оформленные таким образом, чтобы подтвердить использование работником такси для поездок, осуществляемых в служебных целях.