В своем письме от 1 сентября 2011 года № 03-04-05/7-625 Минфин России разъяснил, что согласно абзацу двадцать шестому подпункта 2 пункта 1 статьи 220 Налогового кодекса РФ имущественный налоговый вычет, предусмотренный данным подпунктом, не применяется в случаях, если оплата расходов на строительство или приобретение жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них для налогоплательщика производится, в частности, за счет выплат, предоставленных из средств федерального бюджета.  

Таким образом, имущественный налоговый вычет не может быть предоставлен участнику накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих по расходам, произведенным за счет средств, полученных из федерального бюджета.