В своем письме от 26 августа 2011 года Минфин России разъяснил, что  поскольку продаже подлежит нежилое помещение, получившее такой статус в результате изменения целевого использования недвижимого имущества, имущественный налоговый вычет в связи с продажей указанного имущества предоставляется в сумме, полученной от его продажи, но не превышающей 250 000 руб.

Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Налогового кодекса РФ, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.

Изменение назначения помещения не отменяет факта осуществления расходов по его приобретению.

Таким образом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму облагаемого дохода от продажи нежилого помещения, находившегося в его собственности менее трех лет, на сумму документально подтвержденных расходов, связанных с его приобретением.